وكان القحطاني قد أقيل وفرضت عليه وزارة الخزانة الأمريكية عقوبات، للاشتباه في دوره بالجريمة. وقال مصدران من المخابرات بالمنطقة لـ «رويترز» بعد أسابيع من الجريمة، إن القحطاني أشرف على قتل خاشقجي وتقطيع أوصاله، بإصدار الأوامر عبر سكايب إلى فريق مؤلف من عناصر في أجهزة الأمن والمخابرات.
ووجّه النائب العام السعودي اتهامات إلى 11 مشتبهاً فيهم، لم يُكشف عن أسمائهم، في نونبر 2018، وطالب بإنزال عقوبة الإعدام بحق 5 منهم، لاتهامهم بإصدار أوامر وتنفيذ الجريمة.
وتعتقد وكالة المخابرات المركزية الأمريكية (CIA) وبعض الدول الغربية أن ولي العهد، الأمير محمد بن سلمان، هو الذي أمر بقتل خاشقجي، وهو ما ينفيه مسؤولون سعوديون.